Техникум во время войны находился в ведении Народного Комиссариата Земледелия РСФСР и готовил специалистов по использованию торфа в сельском хозяйстве. В это время в техникуме было одно отделение - торфоустроительное. В 1941 году обучалось 190 учащихся. Когда немецкие войска подходили к Москве, техникум был эвакуирован в г.Кологрив Костромской области, туда же, по приказу Народного Комиссариата Земледелия РСФСР, были эвакуированы и все документы учебного учреждения. Оборудование кабинетов, кроме кабинетов химии и физики, не вывозилось и сильно пострадало.

До войны в техникуме было подсобное хозяйство. Когда техникум был эвакуирован, скот был забит и все было отправлено в партизанский отряд. Немецкие войска в пос. Алферово не входили, так как в лесах находились партизаны, но в самом здании техникума был немецкий госпиталь-профилакторий.

Под натиском советских войск немецкие войска спешно отступали, занятия в техникуме возобновились с 15 марта 1942 года и на этот момент было 5 учебных групп, а всего учащихся 125. Техникум работал в очень трудных условиях- не было: столовой, бани, прачечной.

В 1942 году контингент учащихся составил 196 человек. В этом году в ряды Красной Армии ушли 28 человек. В 1943-44 учебном году в техникуме обучалось 155 человек. Инвалидам войны и особенно нуждающимся студентам предоставлялось общежитие.

Многие учащиеся техникума ушли на фронт, а девушки - на курсы медсестер. Об этом свидетельствуют выписки из приказов по Московскому торфоустроительному техникуму:

&1 Отчислить из числа студентов I курса следующих товарищей: Дубову, Железнову, Клочкову, Гуляеву и Грибову как выбывших учиться на курсы медсестер….

& 2 Отчислить из числа студентов I курса следующих товарищей: Гордеева, Власова, Гришина, Барматова, Успенского, Морозова, Вилкова, Филиппова, Хатилина, Суворова, Густова как выбывших в военную школу… Учащиеся, которые оставались в техникуме и продолжали учебу, тоже оказывали посильную помощь фронту. Народный Комиссариат Земледелия РСФСР издал приказ №331 от 22 июня 1941 года, согласно которому надлежало «Всех учащихся на период каникул откомандировать…на уборочные работы»

Сохранился отчет преподавателя Г.И.Назарова о работе в прикрепленной группе за I-е полугодие 1942-1943г.г. В нем, в частности говорится «Мною была организована с группой заготовка дров в течение одного дня и заработанные деньги в сумме 96 рублей 00 копеек были внесены на танковую колонну».

Учащиеся собирали средства для оказания помощи семьям фронтовиков, часто организовывая для этого платные спектакли.

Сотрудники техникума – участники Великой Отечественной войны: Загорулько И.Н., Вашуркин А.Д., Романовский И.К., Свитцов И.М., Сурогин М.И., Назаров В.И., Сериков А.А., Данилов А.Я.